二十多年来，孙万忠本着刻苦专研，勇攀学术高峰的学术精神，在男科科领域的学术研究以及临床实践上都取得了骄人的成就。其独创的“成年男性的尿流率测定”，“血清促肾生长因子活性测定”等科研成果不仅填补了我国相关领域的科技空白，也极大地提高了我国泌尿外科医疗水平，帮助了成千上万名泌尿疾病患者摆脱了病痛的折磨。

 其突出的科研能力，曾多次获得国家的肯定和嘉奖。他曾获得国家教委“有突出贡献中国培养的博士研究生”称号;被评为“享受国务院政府特殊津贴”专家;曾任第21、22届中华医学会理事，第1、2、3届吴阶平医学基金会理事;并获得过全国科技进步一、二、三等奖各1项，国家卫生部及国家教委三等奖各1项，全国科技进步三等奖1项，主译专著1部、参编专著20余部，发表论文40余篇。